A Lei nº 9.984/2000, atendendo à necessidade de implantação de um órgão gestor dos recursos hídricos do país, teve como principal objetivo:
acompanhar e avaliar a execução dos programas de governo vinculados à ANA, zelando pelo cumprimento dos objetivos e metas estabelecidas, bem como pela adequação do gerenciamento empreendido
representar judicialmente a ANA, com todas as prerrogativas processuais de Fazenda Pública, inclusive desistindo, transigindo e firmando compromisso nas ações de interesse da ANA, desde que autorizado pela Diretoria Colegiada
criar a Agência Nacional de Águas - ANA, entidade federal de implementação da Política Nacional de Recursos Hídricos, integrante do Sistema Nacional de Gerenciamento de Recursos Hídricos, estabelecendo regras para a sua atuação, sua estrutura administrativa e suas fontes de recursos
apoiar técnica e administrativamente os conselheiros representantes da ANA no Conselho Nacional do Meio Ambiente - CONAMA e no Conselho Nacional de Recursos Hídricos - CNRH