No ano de 2006, a partir da reestruturação do Departamento Penitenciário Nacional (Depen), foi criado o Sistema Penitenciário Federal, com a finalidade de ser o gestor e fiscalizador das Penitenciárias Federais em expresso cumprimento ao contido na Lei de Execução Penal (LEP), especialmente em seu artigo 72, parágrafo único, que lhe confere essa incumbência de forma exclusiva.
O Sistema Penitenciário Federal é constituído pelos estabelecimentos penais federais, subordinados ao Departamento Penitenciário Nacional (Depen) do Ministério da Justiça.
Atualmente, integram o Sistema Penitenciário Federal quatro estabelecimentos penais. Trata-se dos presídios de Catanduvas (PR), Campo Grande (MS), Porto Velho (RO) e Mossoró (RN). Está prevista a construção do 5.º estabelecimento em