Em relação ao Tomcat e JBoss:
Tomcat é um servidor de aplicações completo baseado na plataforma J2EE.
JBoss pode funcionar integrado a um servidor web dedicado, tal como Apache httpd ou Microsoft IIS.
Tomcat implementa conteiner EJB.
No Jboss todos os módulos que compõem o servidor, além das próprias aplicações, são componentes que podem ser substituídos sem a necessidade de paradas no servidor.
JBoss é um conteiner Web, que utiliza parte da plataforma corporativa Java EE para implementar funcionalidades em Servlet e JSP.